後継者への引継ぎやM&Aを進める際には、設備の見直し、専門家への相談、

引継ぎ後の経営体制づくりなど、段階に応じた準備が必要です。

「事業承継・M&A補助金」は、こうした取組に伴う費用負担を支援する制度です。

16次公募の公募要領が公開され、公募申請は2026年10月2日（金）から11月6日（金）17:00まで受け付ける予定です。

本記事では、公募日程と各枠の補助内容、申請前に確認しておきたいポイントを解説します。

1．16次公募のスケジュール

今回の公募では、申請受付に先立ってオンライン説明会の参加申込みが始まっています。

説明会への参加を希望する場合は、公募申請の締切とは別に、説明会の申込期限を確認しておきましょう。

項目	日程
公募申請受付	2026年10月2日（金）～11月6日（金）17:00
説明会の申込受付	2026年9月9日（水）～10月7日（水）17:00
オンライン説明会	2026年10月9日（金）14:00～開催予定 Microsoft Teams タウンホール形式

出典：事務局「16次公募のスケジュール・説明会」

採択は2026年12月下旬以降、交付決定は2027年1月下旬以降に順次行われる予定です。

後続の日程は暫定のため、検討する投資や専門家への依頼時期と併せて、今後の案内を確認してください。

2．事業の段階に合わせて選ぶ4つの枠

支援内容は、将来の事業承継に向けた投資、M&Aの専門家費用、M&A後の経営統合、廃業に伴う費用に分かれます。

金額だけで選ばず、自社がどの段階にあり、何に費用がかかるのかを整理することが出発点です。

事業承継促進枠

今後5年以内に親族や従業員などへ事業を引き継ぐ予定があり、

その準備として生産性向上につながる設備投資等を行う場合に検討できる枠です。

承継予定者と、引継ぎ後の事業の方向性を共有して計画を組み立てましょう。

補助上限は800万円で、所定の賃上げ要件を満たす場合は1,000万円に引き上げられます。

補助率は原則1/2以内、公募要領の小規模事業者等に該当する場合は2/3以内です。

上限引上げ部分の扱いは第3節で説明します。

専門家活用枠

M&Aの買い手・売り手が負担する専門家費用などを支援します。

DD（デュー・ディリジェンス）は、譲渡対象企業の財務や法務などの状況・リスクを調べることを指します。

類型	主な補助上限	補助率
買い手支援類型	600万円 DD実施で上限に200万円加算	2/3以内
売り手支援類型	600万円 DD実施で上限に200万円加算	原則1/2以内 所定の要件に該当する場合は2/3以内
買い手支援類型 100億企業特例	2,000万円	補助額1,000万円以下の部分：1/2以内 1,000万円超～2,000万円の部分：1/3以内
小規模売り手支援類型	450万円	2/3以内

通常の売り手支援類型で2/3以内となるのは、物価高等による営業利益率の低下について公募要領の比較条件を満たす場合、

又は直近決算期の営業利益・経常利益のいずれかが赤字の場合です。

DDの加算も、対象となる費用に基づく補助であり、定額が自動で支給されるものではありません。

100億企業特例は、申請時点での「100億宣言」の公表、最低譲渡価額5億円以上、

DDの実施、原則3年間の雇用維持など、追加の要件があります。

一般の買い手支援類型との違いを確認してから申請を検討しましょう。

PMI推進枠

PMIとは、M&A後に経営方針や業務を整え、統合による効果を引き出すための取組です。

この枠には、専門家の支援を受ける「PMI専門家活用類型」と、統合後の設備投資等を支援する「事業統合投資類型」があります。

PMI専門家活用類型は上限150万円、補助率1/2以内です。

事業統合投資類型は上限800万円、賃上げ要件を満たす場合は1,000万円となり、補助率は原則1/2以内、小規模事業者等は2/3以内です。

設備投資と専門家への依頼費用を区別して整理してください。

廃業・再チャレンジ枠

在庫の処分、建物・設備の解体、原状回復など、要件を満たす廃業費用を支援します。

再チャレンジ申請（単独申請）は上限300万円、補助率2/3以内で、廃業後の新たな事業活動や就職などの取組も要件となります。

他枠との併用申請は原則上限300万円ですが、補助率は併用先の規定に従います。100億企業特例に併用する廃業費は1/2以内です。

また、小規模売り手支援類型に併用する廃業費は上限150万円です。併用先の公募要領も併せて確認しましょう。

3．上限額を確認するときに押さえたい条件

事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型では、

補助額のうち800万円を超え1,000万円以下の部分は、小規模事業者等でも補助率1/2以内です。

上限引上げには、補助事業完了年度を基準として翌年度の従業員1人当たり給与支給総額を3％以上増やすことなどが求められ、

公募申請時までの表明も必要です。


また、専門家活用枠では、補助事業期間中にM&Aの引継ぎが完了しない場合に、上限額や対象経費が変わります。

通常の買い手・売り手支援と100億企業特例は上限300万円で原則DD費用のみ、

小規模売り手支援は上限50万円で着手金・システム利用料・DD費用が対象です。

成約までの見通しも踏まえ、資金計画を立てることが大切です。

4. 申請に向けて準備しておきたいこと

申請にはJグランツを使用し、GビズIDプライムのアカウントが必要です。

まずはログインできるかを確認し、選択する枠・類型に応じて、事業計画、経費の見積り、承継やM&Aの予定を整理しておきましょう。

専門家活用枠でFA・仲介業務の費用を計上する場合は、依頼先が「M&A支援機関登録制度」に登録されていることも確認が必要です。

DD費用と仲介費用は、見積りの段階から分けて把握すると準備を進めやすくなります。

採択と交付決定は別の手続きです。

補助対象となる契約・発注は原則として交付決定後に行い、補助事業期間内に支払いまで完了させる必要があります。

補助金は事業完了後の精算払いとなるため、入金までに必要な資金も見込んでおいてください。

まとめ

事業承継・M&A補助金の16次公募は、2026年11月6日（金）17:00が申請締切です。

将来の承継に向けた投資なのか、M&Aの専門家費用なのか、統合後の取組なのかを整理すると、自社に合う枠を検討しやすくなります。

補助上限だけでなく、補助率の区分、賃上げ、成約時期、併用条件まで確認したうえで準備を進めましょう。

制度の選び方や申請準備にお悩みの事業者様は、サポート行政書士法人へご相談ください。